政企不分，阻碍了交通运输业的健康发展。在交通运输领域，普遍地存在着政企不分的体制性问题，铁路运输系统更为明显。铁道部依然掌握着全路的主要生产、经营、投资、分配权力，既有铁路行业管理的职能，又有从事生产经营的职能；既代表国家行使国有资产的监督管理权，又有资产经营权；既是行业法规、条例的制定者，又是这些法规和条例的执行者，而被赋予法人地位的铁路局和铁路分局成为虚拟法人，既不具备法人财产权，也不具备完整的生产经营权，使铁路运输企业无法转型为规范的市场主体和法人主体，独立地面对市场配置运输资源。由于国家对铁路运输实行价格管制，这种价格既非来自市场供求状况，亦非来自企业自身的成本状况，铁路运输企业无法通过产品价格获取自身的正常经济收益。